Reeds in de 17de eeuw stond er op deze plaats een houtzaagmolen. Een eerste aanwijzing in die richting kan een akte zijn waaruit blijkt dat Claes Folies zijn houtzaagmolen verkoopt aan: Aart Pietersz. woonachtig buiten Haarlem aan de Suidsijd op het Spaarne bij het huis dat gebroest (?) aldaar op grond van voorzegde Aart Pietersz. De notaris die de akte opmaakte woonde te Koog aan de Zaan, zodat verondersteld kan worden dat het hier een Zaanse molen betrof, hoewel uit Boorsma's Duizend Zaanse Molens niet is op te maken om welke molen het hier zou hebben gegaan.
Archivaris J.R. Persman (van de provincie Noord-Holland) kwam op grond van oude transport(=verkoop-)acten tot de conclusie, dat er rond 1640 een zaagmolen op deze plaats stond; ook op enkele kaarten uit die tijd staat reeds een 'saeghmolen' vermeld.
Vermeldenswaard: bij de restauratie van 1992-1993 werd in één van de vervangen delen van de kruivloer de inscriptie '23-8-1776' gevonden. Gezien de gehele constructie is het niet onmogelijk dat de molen inderdaad uit dat jaar dateert. In dat geval zou de huidige molen een opvolger zijn van een eerder gebouwd exemplaar.
Feit is dat tot in de twintigste eeuw er vrij weinig over deze molen bekend is, behalve enige namen van eigenaren.
Kort voor 1924 schijnt de molen een tijdje buiten gebruik te zijn geweest. De nieuwe periode van werkzaamheid was echter maar van korte duur, want al omstreeks 1926-1927 werd bij de molen een elektrische zagerij gebouwd. Even nog hebben beide tezamen gewerkt maar al spoedig werd de molen definitief stilgezet. Toen sloop dreigde is de molen in 1927 aangekocht door de Vereniging De Hollandsche Molen die hem op haar beurt in 1963 overdroeg aan de gemeente Haarlem.
In de jaren 1949-1957 is de molen overgedragen geweest aan de Stichting Nehim Molen De Eenhoorn.
De molen werd vanaf de restauratie in 1966/67 tot 1986 eens per maand in werking gesteld; in dat laatste jaar werd het beheer van de molen overgedragen aan de Stichting Molens Zuid-Kennemerland en sindsdien is de molen vaker in bedrijf.
Geleidelijkaan hebben vrijwilligers van de SMZK het zaagwerk hersteld, waardoor rond 1990 weer gesproken kon worden van een maalvaardige molen.
In 1992/93 volgde dan flink herstel aan de hoofdconstructie, zoals de koningsstijl en de onderbouw en werd de conische beplanking van de linkerzijde in ere hersteld.
Vervolgens is jarenlang op vrijwillige basis gedraaid, waarbij meestal ook werd gezaagd.
In oktober 2015 bleek bij onderhoud dat de keuning aan het verzakken was, dit vermoedelijk omdat de fundering het niet meer aan kon. Als gevolg werd de molen voor onderzoek stilgezet. Na uitvoerige werkzaamheden in 2016 was het hart van de molen weer zodanig ondersteund, dat er weer gekruid en dus ook gedraaid en gezaagd kon worden.
Evenwel is later besloten dat er toch aan de fundering gewerkt moest worden: 7 maart 2019 startte de molenmaker met het vervangen van de hoofdfundering midden onder de molen en dat hield nogal wat in: er werden enige funderingspalen bijgeperst en de gemetselde muur werd grotendeels gesloopt en daarna in beton vervangen. Het hart, diep en centraal onder de molen gelegen, is min of meer vernieuwd. Intussen stond de molen opgeblokt op de ringmuur (en was al die tijd uiteraard niet draai- of maalvaardig).
In het najaar was 2019 was deze klus, vermoedelijk de ingrijpendste (en minst zichtbare!) die deze molen ooit heeft ondergaan, achter de rug en kon de molenaarsploeg de draad weer oppakken.
In de loop van 2021 bleek dat beide inmiddels 55 jaar oude roeden dienden te worden vervangen, evenwel was de toestand niet zodanig dat de molen moest worden stilgezet. Op 16 juli besloot de maalploeg echter, vanwege de toenemende hoeveelheden roest die uit de roeden kwam, te stoppen. De zeilen en borden werden verwijderd en de molen staat nu dus stil in afwachting van nieuwe roeden.
De molen blijft intussen gewoon 's zaterdags open!
De Eenhoorn is een wat uitzonderlijke paltrok, omdat hij oorspronkelijk was uitgerust met vier in plaats van de gebruikelijke drie zaagramen. Daarom heeft hij, van voor naar achter gezien, ook een wat grote breedte. Later is het achterste zaagraam weggehaald om het vervolgens horizontaal op de zolder te laten meedraaien als pompraam, met een gewichtenbak ter verzwaring.
