Het is niet bekend of de molen een voorganger had: in deze regio zijn vroeger diverse standerdmolens vervangen door stenen molens.
In 1895 werd de molen door Reijer van Ommeren (afkomstig van een molen uit Achterberg bij Rhenen) gekocht en er is een paar generaties op gemalen. Dit duurde tot 1930: daarna werd de windkracht niet meer benut en de toestand langzamerhand slecht.
In 1959 werd een flinke restauratie uitgevoerd, waarbij tweedehands roeden werden gestoken die van het systeem Van Bussel werden voorzien. Deze wiekverbetering bleek in de praktijk zinloos, want gedraaid werd er niet, laat staan gemalen en dus was er al spoedig weer sprake van verval.
Een nieuwe restauratie in 1980/1981, voornamelijk op initiatief van de Elster huisarts W.A. van Ommeren (naamgenoot, maar geen directe familie van de laatste molenaar) leverde een maalvaardige molen op. Hierna werd weer op kleine schaal gemalen voor enige bakkers in de omgeving.
Helaas kwam de molen al spoedig weer tot stilstand, deels vanwege de matige omgeving, deels omdat de restauratie niet voldoende was geweest en zich nieuwe problemen aandienden.
Die stilstand duurde veel langer dan bedoeld, omdat de Stichting de Utrechtse Molens inmiddels financieel in zwaar weer terechtgekomen was en veel werk aan diverse molens moest worden uitgesteld.
Pas in juni 2005 werd, met het afnemen van de kap, een forse restauratie ingezet en toen ging het snel: al op 22 december datzelfde jaar volgde de feestelijke heringebruikname. Het koppel blauwe stenen was weer maalvaardig en daar werd zo nu en dan veevoer gemalen.
Vier jaar later zette men de molen opnieuw stil, deze keer vanwege noodzakelijk herstel aan het metselwerk. Dit werk kon echter, door de strenge winter van 2009/2010, niet worden afgerond, althans: begin 2012 was de molen nog steeds 'lek'.
Halverwege 2013 werd er toch weer gewerkt: de stenen romp werd gereinigd en ook probeerde men, de lekkage daarvan met bijenwas te stuiten. Naar verluidt had dit een behoorlijk succes. Intussen kreeg de molen ook een grote vefbeurt.
Later verbeterde de omgeving, met name vanuit ZW, sterk nadat er flink gesnoeid en gekapt was. Eind 2016 maalde men op proef met het koppel kunststenen en dit ging heel goed: daarna maalde men geregeld maïs. In 2017 vervingen de molenaars zelf alle windborden en twee jaar later kreeg de kap een geheel nieuw rietdek.
Het zat molen en molenaars evenwel wederom niet mee: eind 2021 liet de SDUM veel van haar molens stilzetten vanwege twijfels over de kwaliteit van de roeden. 'Elst' was één daarvan. Voor deze molen betekende dit opnieuw langere tijd stilstand.
Nadat de roeden al eerder waren kaalgezet, gingen zij in april 2024 eruit; ook de staart werd toen verwijderd. Eind 2024 stond de molen nog steeds zonder roeden maar inmiddels wél met een nieuwe (en in iets andere kleuren geverfde) staart. Daarbij is één van de afkomende roeden (voor de helft) opnieuw gebruikt als staartbalk.
Een geheel maalvaardige 't Wissel te Elst Utrecht wordt medio 2025 verwacht.
