Volgens het opschrift op de baard van De Roode Leeuw is de molen gebouwd in 1771. De geschiedenis is echter bijna 150 jaar ouder: voorganger was een in 1619 gebouwde wipmolen met stelling.
In 1727 werd deze wipmolen vervangen door een ronde stenen stellingmolen. Ruim veertig jaar later, 1771, moest de molen volledig worden hersteld, vermoedelijk als gevolg van een grote brand.
De molen is vele malen van eigenaar verwisseld. De laatste particuliere eigenaar was C.K. Galama, die zijn maalbedrijf in 1925 beëindigde, althans: in 'De Molenaar' van 1 april 1925 biedt hij zijn molen voor de sloop te koop aan en vermeldt, en passant, wat het maalwerktuig allemaal bevat: "...vier koppel Steenen, 4 regelateurs met toebehooren, een Maalstoel met drie koppel steenen, geheel compleet en twee Koekenbrekers en Luiwerk, twee draaistroommotoren, 20 en 40 P.K., met olieweerstand en schakelaars".
In 1926 deed hij zijn molen voor ƒ 4800,-- over aan de gemeente Gouda, onder het beding dat de molen tot 1952 niet voor de graanhandel mocht worden gebruikt.
Dat laatste gebeurde inderdaad niet: de molen verviel tot statisch monument. Of het binnenwerk nou geheel of gedeeltelijk is verkocht, is niet helemaal duidelijk, maar tijdens de Tweede Wereldoorlog werd vrijwel alles (op het bovenwiel na) uitgesloopt en opgestookt als brandhout. Daarna stond de molen er leeg en vervallen bij.
In 1968 volgde een grote uitwendige herstelbeurt, met onder meer nieuwe roeden, maar daar bleef het bij.
In 1980 ontstond bij de gemeente Gouda het plan om de molen volledig te restaureren tot werkend monument. In 1985 werd Marcel Koop als molenaar aangesteld. Aanvankelijk zou hij naast de molen gaan wonen, maar de gemeente stelde de voorwaarde dat de oorspronkelijke woning in de molen in ere zou worden hersteld. Dat had te maken met het feit dat de molen in een wijk stond die was uitgeroepen als stadsvernieuwingswijk. Door de woonfunctie in de molen was het mogelijk meer subsidiegelden te verkrijgen. Het geld nodig voor de restauratie kwam van de gemeente Gouda, de Provincie en toenmalige Rijksdienst voor de Monumentenzorg.
De Roode Leeuw kreeg - gezien het feit dat hij vrijwel was uitgesloopt - een vrijwel nieuw binnenwerk en kon daarna weer als korenmolen aan het werk.
Wonen en werken in en met deze molen is bepaald geen eenvoudige zaak gebleken: het - inmiddels zeer poreus geworden - metselwerk werd sinds jaar en dag geteisterd door vochtdoorslag (zo stond in 1990 na een hoosbui een meter water in de woning!). Als voorlopige oplossing werden delen van de romp bedekt met plastic; daardoor bood deze molen jaren een vreemde en zeker niet fraaie aanblik.
Verder was ook niet iedereen blij met een malende molen in de buurt: stelselmatige tegenwerking van één omwonende resulteerde in april 2002 in een negatieve beschikking ten aanzien van de molen en de milieuvergunning. Dit hield in, dat per dag slechts enkele uren op windkracht zou mogen worden gemalen. Voor Willem Roose, die inmiddels Marcel Koop als molenaar was opgevolgd, was dit aanleiding de molen stil te zetten en over te gaan op elektrisch malen. Het heeft geruime tijd geduurd voordat hij hier (gedeeltelijk) op terugkwam. Malen op windkracht deed hij ondertussen op Den Arend te Bergambacht.
Nadat de molen vanaf 2004 weer had gedraaid en ook gemalen, volgde in april 2007 werd opnieuw stilstand. Ten einde de problemen met de waterdoorslag definitief de baas te worden, moest de molen wederom grondig worden hersteld: boktor- en houtwormbehandeling en daarnaast metselwerk, balkkoppen, voeg- en inboetwerk (boven de stelling aan de 'weerzijde') en renovatie van de woning. In de zomer van 2009 werd hiermee begonnen; eind 2010 was het grotendeels klaar; door lange '„uitwasemtijd'' van de stenen romp werd het inwendige stucwerk pas in november 2011 aangebracht. Daarna volgde het molenmakerswerk: stelling grotendeels vernieuwd, net als enige stellingdeuren, raamkozijnen, staartbalk en lange schoren. De fokken werden verwijderd en weer vervangen door Oud-Hollandse ophekking.
De molen heeft sinds medio 2011 regelmatig onbelast gedraaid; op 2 april 2012 werd er voor het eerst echt gemalen met nieuwe tuig. 22 juni 2012 volgde de officiële ingebruikstelling door wethouder Daphne Bergman.
Helaas blijken de vochtproblemen nog allerminst achter de rug: in de eerste helt van 2017 is opnieuw onderzoek gedaan en het binnenstucwerk deels weer verwijderd.
