Deze stellingmolen werd in 1884 hier opgebouwd nadat de voorganger, een paltrok, op 5 september 1883 door blikseminslag werd verwoest. Voor de herbouw werd de uit 1755 daterende en voor de sloop te koop staande houtzaagmolen De Kat vanuit Amsterdam naar Oegstgeest (Leiden zat als gemeente nog geheel binnen de singels) overgebracht.
De Herder heeft tot 1920 op windkracht gezaagd. In dat jaar werd een motor op het krukschijf gezet. Dat functioneerde niet naar wens: in 1926 verbouwde men het geheel en werd het van een verticaal een horizontaal zaagwerk. Wél behield men een aandrijving van het spilwiel naar de aandrijfas op de stellingzolder, zodat bij motorproblemen de molen het zaagwerk over kon nemen.
In 1926 en 1939 zijn ook beide houten roeden vervangen (1926 de buiten- en in 1939 de binnenroe). Het middenstuk van de uitgekomen buitenroe is toen onder het spilkalf gekomen.
Het lijkt echter dat de windkracht vanaf 1926 niet meer gebruikt is. Pas tijdens de Tweede Wereldoorlog dwongen de omstandigheden ertoe dat het zaagwerk weer geschikt werd gemaakt voor de windkracht. In 1941 heeft men de molen ook 'half-verdekkerd', ofwel: aan de achterzijde van de Oud-Hollandse voorzomen een stroomlijnneus aangebracht.
Direct na de oorlog werd het elektrisch zagen hervat. De molen bleef stilstaan, evenwel in zeer behoorlijke staat.
Een restauratie in 1965/66, waarbij onder meer nieuwe roeden werden gestoken, leidde niet tot nieuwe activiteit: er werd machinaal gezaagd, het buitenwerk werd goed onderhouden maar draaien was er niet bij.
Rond 1975 kreeg de Leidse molenmaker en vrijwillig molenaar Wim van Krieken het voor elkaar dat er weer geregeld werd gedraaid, al had dit wel een opvallende restrictie: geen zeilen! Dat wilde Mulder niet.
Eind jaren '70 beëindigde de fa. Gebr. Mulder haar bedrijf en later werd de molen verkocht aan makelaardij Proper Beheer te Oegstgeest (en prompt kwamen er zeilen...).
Ondertussen werd duidelijk dat deze molen niet zonder een nieuwe, veelomvattende restauratie zou kunnen. Al langer was bekend dat met name de vierkante onderbouw slecht was, maar hóe slecht bleek pas na onderzoek in 1987: het achtkant steunde nog maar op twee van de vier poten! Dat jaar draaide de molen voorlopig voor het laatst.
Een door de eigenaar voorgesteld plan om de molen draaivaardig te restaureren maar tevens ook in te richten als woning stuitte eind jaren '90 op veel weerstand in molenkringen. Prompt werd de reeds begonnen restauratie stilgelegd (al werden delen die in weer en wind kwamen te staan wel meteen dichtgetimmerd). Vervolgens gebeurde er geruime tijd niets.
Uiteindelijk werd een goed compromis gevonden: de molen werd gerestaureerd in de staat van na 1926 en naast de molen bouwde men een woning in een stijl, die veel op die van de zaagschuren lijkt.
In de molen is de oude snelzaagmachine uit 1926 teruggeplaatst en deze werkt alleen op windkracht: een motor is er niet meer. Het andere snelzaagraam, in de hal grenzend aan de molen, is nog aanwezig maar niet meer zaagvaardig. Hoger in de molen zelf resteren van de oorspronkelijke aandrijving van vóór 1926, behalve bovenwiel en bovenschijf, ook spil- en krukwiel.
Wat bij de restauratie niet terugkeerde was de aanbouw voor de inmiddels ook antieke lintzaagmachine. Verder verplaatste men de houten hijskraan, die altijd voor de molen stond, naar de andere kant van de molen naast de vijver.
Het achtkant laat sporen zien van de oude inrichting van krukas en zaaghoofden. Maar er zijn ook aanpassingen gedaan voor de nieuwe inrichting voor het snelzaagraam. Verder zijn er uitkepingen aanwezig die erop duiden dat recht onder de koningspil een groot vliegwiel heeft gedraaid; waarvoor dit gediend heeft is tot op heden niet duidelijk.
In 2014 zijn de twee lange schoren vervangen en een korte schoor aangescherfd, ook zijn reparaties uitgevoerd aan het gevlucht, zoals vervangen van voorzomen en enkele kluften en een windbord. Eind 2014 volgde stilstand vanwege een vermolmd vangstuk.
In de loop van 2015 werd dit hersteld, waarna er weer regelmatig wordt gezaagd. Vaak gaat het dan om Leidse bomen die, eenmaal gezaagd, door een Leidse meubelmaker worden gebruikt.
Eind 2016 moest de molen opnieuw worden stilgezet: de wiggen en keerklossen van één roede dienden vervangen te worden, evenals enige stellingdelen.
Minstens zo noodzakelijk werd intussen de vervanging van het rietdek van het achtkant. In februari 2018 is men met dat laatste begonnen en men was opvallend snel klaar: het achtkant kreeg geheel nieuw riet en de kap werd 'opgedekt'. Op 4 april maakte het wiekenkruis voor het eerst in ruim 15 maanden een paar rondjes.
Hierna volgden nog werkzaamheden aan de stelling en ineens was 'De Herder' terug: op 14 juni 2018 had de molen de wind in de zeilen en zaagde of hij nooit anders had gedaan.
