Deze molen werd in eerste instantie in 1775, ter versterking van de bemaling van de toen in volle vervening zijnde Nijkspolder aan De Linde achter Blesdijke, gebouwd. Toen deze vervening in 1836 was voltooid, brak men de molen af, om hem in Noordwolde als korenmolen weer op te bouwen. 

In 1917 werd die korenmolen afgebroken om daarna terug te keren naar de Linde en opnieuw als poldermolen. Deze keer gebeurde dat ter vervanging van een nog vrij nieuwe spinnekopmolen. Deze was op 11 juli 1917 na blikseminslag afgebrand. Luttele weken daarvoor, 13 juni 1917, was in 'De Molenaar' het korenmolentje te Noordwolde voor de sloop te koop aangeboden. Op zijn derde locatie kreeg hij een bemalingstaak voor de Dr. Jan C. Driessenpolder.

Toch moet de molen al betrekkelijk vroeg buiten bedrijf gekomen zijn. Foto's uit de vroege jaren '50 tonen de molen met slechts één roede.
In 1957 volgde een flinke opknapbeurt, waarbij de molen voor het eerst een ijzeren bovenas kreeg. Gedraaid werd er daarna vermoedelijk niet.
Pas veel later is er, onder invloed van vrijwillig molenaarschap, weer gedraaid maar in de loop van de jaren '80 ging de toestand opnieuw achteruit.

In 1990/91 vond een grote restauratie plaats. Er kwam een geheel nieuwe gietijzeren as (de in 1957 gestoken as vertoonde een scheur) en ook werden nieuwe stalen roeden gestoken. De veldmuren werden afgebroken en vervolgens geheel opnieuw gemetseld, zij het in een iets andere vorm dan daarvoor. 
Sinds deze laatste grote restauratie kan de molen naar keuze op de boezem of in  circuit malen. Via een grote schuif kan het water rechtdoor (naar de boezem) of naar links (het circuit) worden uitgemalen. In dat laatste geval heeft de molen een maalcircuit van 2,5 km(!).

In het voorjaar van 2021 constateerden de molenaars dat de molen snel verzakte: het wiekenkruis sloeg in een bepaalde positie tegen het dek van de vijzelbak, uiteraard zeer ongewenst. Men zette de molen stil. 

Die inactiviteit heeft niet lang geduurd: in november 2021 stortte men rond de molen een nieuwe achtkante fundering in beton. Daarna moest enige tijd worden gewacht tot deze was uitgehard. Begin maart stond de molen weer recht, dat wil zeggen: op klossen op de veldmuren op de nieuwe fundering. Aanvulling van het metselwerk was daarna noodzakelijk. 
Na de rechtzetting moest het gaandewerk opnieuw worden ingesteld en de 'utskoat' (de voorwaterloop in het Frysk) ontdaan van veel rommel. Op 9 april 2022, de zaterdag dat zoveel mogelijk molens in Nederland en elders tegelijk zouden draaien, kon 'De Gooijer' weer meedoen. 22 april volgde de officiële ingebruikname. 

Medio 2025 stond deze molen weer stil omdat beide roeden vervangen dienden te worden. Toch werd in september dat jaar de draad weer enigszins opgepakt: de molen draaide weer, omdat het toch beter werd bevonden dat alles af en toe weer in beweging werd gezet. Ondertussen is men bezig voor nieuwe roeden! 

Technische details:
De lange spruit is tussen bovenwiel en windpeluw aangebracht, tamelijk uitzonderlijk voor een molen in het noorden van het land.

Opmerkelijk: één van de draaipunten van een kaapstander, daterend uit de korenmolenperiode in Noordwolde, is hier nog steeds, nu uiteraard volkomen onnut, aanwezig. Met zo'n kaapstander lichtte men vóór het scherpen de steenspil.

Op korte afstand van de molen bevindt zich nog de molenaarswoning, weliswaar nu een flink stuk groter dan ca. 100 jaar geleden, maar nog steeds fraai. Tegenwoordig is dit de dienstwoning van de beheerder van het natuurgebied ter plaatse.