Op de plaats waar nu de Windlust staat, heeft vanaf ongeveer 1625 een wipkorenmolen gestaan. Toentertijd telde Nootdorp slechts 28 huizen. In 1880 kocht Huibert Blonk, molenaar te Zegwaard (Zoetermeer), deze molen aan. Niet hij, maar diens oudste zoon Arend werd de molenaar. 
Huibert Blonk liet het hier al snel niet bij: in 1885 kocht hij de rietgedekte, achtkante run- en snuifmolen Windlust te Delft aan en liet die in Nootdorp opbouwen op de plaats waar de wipkorenmolen had gestaan. De Windlust was in 1781 gebouwd maar daar, nadat men op stoomkracht was overgegaan, overbodig geworden. 

Huibert Blonk zag de nieuwe molen van zijn zoon niet lang malen: hij overleed in maart 1886 na een ongeval in het verkeer. Bij de verdeling van de boedel werd de molen aan Arend Blonk toegewezen.
Arend Blonk overleed al in februari 1898, amper 44 jaar oud. Een jaar later zette zijn weduwe de molen te koop. Nieuwe eigenaar werd Arie Verploegh, onder Blonk was hij knecht geweest. 

In 1908 onderging de molen een interessante wiekverbetering: beide roeden kregen zelfzwichting. In 1919 verkocht Verploegh de molen aan de coöperatie Ons Belang. Enkele jaren later werd Hendrik Jongste daar molenaar (en zou dat ongeveer 40 jaar blijven). In 1943 verkocht de coöperatie de molen aan Dorus Kortekaas; Jongste bleef huurder.

In 1947 werd historie geschreven toen deze molen als tweede in Nederland -de eerste was Oeffelt- op één roede fokwieken kreeg. De opleving hierdoor duurde helaas maar enkele jaren: vanaf 1951, na de aanschaf van een hamermolen, maalde de molen al veel minder en een jaar later stopte dit geheel. 

Hendrik Jongste, inmiddels van huurder eigenaar geworden, overleed in 1963. Gerard van Rijswijk kocht de toen al in matige staat verkerende molen aan. Goede bedoelingen waren er te over, maar Van Rijswijk had middelen noch kennis om de molen in een betere staat te brengen; het verval kon niet worden gestopt.
Pas in 1974, toen het echtpaar Koos en Bep de Wolf - van Domburg molen, woonhuis en graanschuur kocht, braken betere tijden aan. Eerst lieten zij de oude molenaarswoning afbreken en op die plaats een nieuw huis bouwen maar daarna kreeg de molen alle aandacht, dat wil zeggen: consolidatie. De romp werd waterdicht gemaakt en in juli 1976 ging beide roeden eruit. 

Toen waren evenwel ruim 10 jaar te gaan: pas in 1987 waren voldoende financiële toezeggingen binnen om met de restauratie te beginnen. Toen ging het snel: in februari 1987 takelde de firma Verbij de oude kap naar beneden om die al in november dat jaar, mét daarin een nieuw bovenwiel, geheel hersteld weer te plaatsen. In december volgden de roeden. Intussen was de romp al met nieuw riet gedekt. 
Het maalwerk moest evenwel nog grondig worden herzien: de aanwezige koppel maalstenen (twee origineel en één later toegevoegd) waren onbruikbaar geworden. Twee geheel nieuwe koppel kunststenen, fabrikaat Van Hees, werden geplaatst. 
Op 29 mei 1989 werd de molen feestelijk in bedrijf genomen. Zijn wederopstanding had ƒ 480.000,-- (€ 220.000,--) gekost.

Begin 1995 werd in de voormalige graanschuur eetcafé De Vang geopend. Op 28 april 1998 vond de oprichting plaats van de Stichting Vrienden van de Windlust te Nootdorp (VWN). Eind 1999 werd Leen van der Lee uit Delft eigenaar van molen en graanschuur en in april 2000 nam de stichting het beheer van alle molenzaken van hem over. Sinds 2 september 2008 zijn molen en voormalige graanschuur eigendom van de Stichting.  

In januari 2024 bleek na onderzoek dat beide roeden van de Windlust lasfouten vertoonden. Vervolgens zette men de molen stil.
In het najaar van 2025 waren beide nieuwe roeden klaar; 3 november gingen de oude eruit en de nieuwe erin.