Het is niet bekend wanneer de eerste windmolen hier ter plaatse is gebouwd. Wel moet de windbemaling in deze omgeving al zeer vroeg zijn ingevoerd, want op 4 april 1438 werd aan de bewoners van de dorpen Petten, Groede en Kamp vergunning verleend tot de aanleg van een uitwateringssluis en de bouw van een molen. Op een van omstreeks 1571 daterende kaart staat op deze plaats een wipmolen aangegeven.

In 1799 landde hier op de kust een Engels-Russisch invasieleger om een einde te maken aan de in ons land sinds 1795 aanwezige Franse overheersing. Als gevolg van de krijgshandelingen gingen onder andere De Hargermolen en de naburige molens van de Groeterpolder en Pettemerpolder door brand verloren.
De Hargermolen werd in 1803-1804 door A. Latenstein uit Zaandam voor ƒ  13.500,-- herbouwd; opgeleverd 18-04-1804. De molen van de Pettemerpolder werd niet herbouwd: men verenigde deze polder met de Hargerpolder en kon met één molen volstaan.

De molen werd in 1871 vervijzeld en heeft tot 1962 uitsluitend op windkracht de polder bemalen. In dat jaar is een dieselmotor bijgeplaatst waarna de windmolen nog tot omstreeks 1967 zo nu en dan in gebruik is geweest.

Sinds 1972 werd hij echter weer regelmatig door de molenaar/bewoner op vrijwillige basis in werking gesteld, tot hij als gevolg van de zware storm in de nacht van 3 januari 1976 op hol sloeg en afbranden ternauwernood kon worden voorkomen. De schade was aanzienlijk: grote delen van de kap moesten worden vernieuwd, evenals beide roeden. In 1978 kwam het herstel gereed. 
Op 6 februari 1991 ging het weer mis: ten gevolge van een oververhitte schoorsteenpijp raakte de molen in brand. Door de strenge vorst en de harde wind veranderde de molen tijdens de bluswerkzaamheden min of meer in een ijspaleis, enige brandweerlieden (die overigens voortreffelijk hun werk deden) kregen last van bevriezingsverschijnselen.
15 maanden later was de molen wederom hersteld en kon Huub Fernig opnieuw zijn intrek nemen en als vanouds de molen laten malen.

In april 2019 is de vijzel tijdelijk verwijderd om elders grondig te worden nagekeken. Intussen werd ook de vijzelkom hersteld en opnieuw gevoegd. 21 augustus was de molen weer maalvaardig.