De molen werd in 1684 ter bemaling van de Room- en Meerburgerpolder gebouwd door Claes Jansz. van Staveren en Ary Jacobsz voor ƒ 2175,--. 

Enige eeuwen heeft deze molen zonder al teveel problemen gefunctioneerd. Pas in de 20ste eeuw kwamen er grote veranderingen, zowel voor molen als omgeving. 
1936 was een cruciaal jaar voor deze molen, want er werden toen veel verbeteringen toegepast. Niet alleen het stroomlijnsysteem volgens Dekker, maar ook nieuwe gelaste roeden, iets wat toen nog vrijwel niet was toegepast. Uit het polderarchief wordt duidelijk dat deze op initiatief van A.J. Dekker zijn besteld. Voorts werden hier ook de onderlagers volgens de ideeën van Dekker verbeterd. 
Door al deze moderniseringen leefde de molen, die daarvoor langere tijd in matige staat had verkeerd, totaal op.

In oktober 1950 kreeg de molen een hulpaandrijving met dieselmotor, een tweecylinder Bernard met een vermogen van 20 pk. Dit ter compensatie van de door het dijklichaam van de nieuwe rijksweg 4a (tegenwoordig A4) verminderde windvang. Die motor werd in 1972 na de aankoop door de Rijnlandse Molenstichting verwijderd. De molen is, getuige ook het opvallend grote raam op de begane grond, lang geleden bewoond geweest, maar heeft ook een zomerhuisje gehad. Dat huisje was anno 2007 allang verdwenen (in het ZH-molenboek van 1961 is het nog te zien); aan de polderzijde bleef een schuurtje over (dat tenslotte zeer bouwvallig was).

Al zeer lang stond de Meerburger ingeklemd tussen de ter plaatse verhoogde autosnelweg A4 en het na 1970 aangelegde industrieterrein van Zoeterwoude-Rijndijk. Gezien de geplande uitbreiding van het industrieterrein, de aanleg van sportvelden en nieuwe werkzaamheden aan de A4, werd de locatie onhoudbaar.
In de zomer van 2007 werd besloten, deze molen te verplaatsen naar Leiderdorp, zij het dat dit niet op korte termijn kon gebeuren. Daarom zou de molen, net als dat eerder bij de Bosmolen was gebeurd, bij molenmakerij Verbij worden gestald in afwachting van zijn definitieve plek.
Op 20 augustus 2007 begon de fa. Verbij met de ontmanteling. Op 31 augustus werd de operatie voltooid met het afnemen van de kap (compleet met één roede) en het verwijderen van het achtkant. Daarna volgde vervoer naar de werf van Verbij te Hoogmade. 

Molenaars van deze molen:
D. van Tol (1892 - 1906)
Cornelis van Tol (1907 - 1941*)
Gerrit van Tol (1941 - ?)
J. Onderwater (? - ?). 
* Cornelis van Tol kwam in januari 1941 tragisch om het leven, toen hij vlakbij de molen werd gegrepen door een trein. Hij schoot op dat moment iemand te hulp die door het ijs was gezakt.