De Johanna Bregitta werd in 1766 gebouwd door molenmaker Johannes van Zijll als schepradmolen.
In 1823 werd de molen vervijzeld maar liep daarna zwaar. In 1837 werd de vijzel verkleind en werd de vijzelkom bekleed met een laag stenen.

23-10-1879: Dagblad van Zuidholland en 's Gravenhage

Nieuwer-Amstel, 21 oct. Terwijl zich gistermiddag een hevige onweersbui ontlastte, sloeg ten half vier ure de bliksem in den watermolen van den Bovenkerkerpolder, tot deze gemeente behoorende, bewoond door J. Verweij. Ten vijf ure lag de geheele molen in de asch. Persoonlijke ongelukken kwamen hierbij gelukkig niet voor.

 
De molen brandde in 1879 af door de bliksem, en werd herbouwd met een molen van de Mijdrechtse droogmakerij, die nabij de Nessersluis stond.