Vanaf 1830 stond ter plaatse een achtkante met rietgedekte molen die in 1926 grotendeels werd gesloopt en vervangen werd door een dieselgemaal in de molenstomp.

In 1934 besloot het polderbestuur dit gemaal, vanwege herhaald slecht functioneren, weer te vervangen door een windmolen.
Hierna heeft men de huidige stenen molen, naar ontwerp en onder advies van A.J. Dekker, gebouwd. Molenmaker G.J. Verbij uit Hoogmade deed het meeste werk. Veel tweedehands onderdelen werden gebruikt: kap, as en roeden kwamen van de molen van de Noordeind- en Geerpolder bij Langeraar. Uiteraard kreeg de nieuwe Veendermolen bij oplevering het wieksysteem Dekker. 
Opmerkelijk was (en is) de kapbedekking van koperen platen; dit omdat de aannemer in 1934 tegelijk bezig was met de kerktoren van Hoogmade en daar de nodige platen overhield.

Malen met de nieuwe Veendermolen was overigens geen eenvoudige zaak, iets waar molenaar Wim Kraan snel achter kwam: de bovenas vertoonde scheuren, waardoor deze snel warm liep. Vier uur draaien betekende: vier uur stilstaan om de as laten afkoelen! 
Om deze reden werd in 1944 bij de Grofsmederij te Leiden een nieuwe bovenas besteld. Veel te malen viel er in 1944 overigens niet: aan het einde van de Tweede Wereldoorlog was de Veenderpolder, net als meerdere polders in de buurt, op last van de Duitse bezetter een tijdlang geïnundeerd en mocht er absoluut niet worden gemalen. 
Na de bevrijding heeft, toen een aangekochte zandzuiger van ƒ 20.000,--(!) dit werk niet aankon, de molen zijn eigen polder drooggemalen. Molenaar Kraan ontving hiervoor, na enig aandringen, een extra vergoeding van ƒ 250,--. 

Na 1945 werd de buitenroede voorzien van het systeem Havinga (ook wel bekend als de "Prinsenmolenwiek"). Dit voldeed niet echt: de molen werd er erg hollerig van. In 1956 of '57 zijn beide roeden voorzien van fokken.

In 1967 ging de polder over op elektrische bemaling. Leen van den Berg, molenaar sinds 1949, kreeg ontslag en de molenvijzel werd uitsluitend nog op motorkracht aangedreven.

Tijdens de hevige storm van 12/13 november 1972 sloeg de toen al ruim vijf jaar stilstaande molen los en ging, met de vang erop, aan de haal. Ingrijpen van enkele molenaars en molenmakers kon brand (en vermoedelijk zware schade) voorkomen. Dit leidde ook tot nieuwe belangstelling voor de molen en niet lang daarna volgde herstel. 
Vanaf 1973 is de molen weer geregeld in bedrijf, maar dan op vrijwillige basis.

Dat 'vrijwillige' is hier - in positieve zin - rekbaar gebleken: In de 21ste eeuw was deze molen diverse malen hoofdbemaling van de Veenderpolder. 
Zo moest in april 2006 het elektrisch gemaal van de polder grondig worden nagekeken. Geen probleem: de molen bleek een zeer goede vervanger en een hulp- of noodgemaal was niet nodig. Pieter den Haan en een aantal assisterende molenaars stonden paraat.
In 2024 was het een tijdlang zeer nat en moest de molen bijspringen; in 2025 was het gemaal enige tijd defect dus...
In de eerste helft van 2026 was dit laatste opnieuw, en nu nog serieuzer, het geval: het gemaal van de polder werd geheel vernieuwd en dat kostte tijd. Dus werd de Veenderpolder toen zo'n vijf maanden uitsluitend op windkracht bemalen. Pieter den Haan, Teun Waltman, Frans Verra en Pieter Hellinga zorgden daarvoor. Op 8 juli 2026 kwam hieraan een einde, toen het nieuwe gemaal werd opgeleverd. De molen had intussen zo'n 450 uur gemalen en 250.000 omwentelingen gemaakt. 

Ofwel: deze in de 20ste eeuw gebouwde molen bewijst in de 21ste eeuw nog volstrekt voor zijn taak berekend te zijn!