De polder werd al in 1611 bemalen door een molen die via een 250 m lange voorboezem uitsloeg op de Buitenwatersloot.

In 1737 is deze molen daarvoor in de plaats gekomen.

05-01-1857: Rotterdamsche courant

 Aan J. Gordijn , molenaar op den watermolen van den Voordijkshoornschen polder, in de nabijheid van
Delft, viel gisteren het voorregt ten deel zijn vijftig-jarigen diensttijd in die betrekking te mogen vieren. De
molen was te dier gelegenheid met guirlandes en vlaggen versierd, terwijl den jubilaris, uit erkentelijkheid voor zijne trouwe en langdurige pligtsbetrachting , door her polderbestuur een geschenk in geld, alsmede eene zilveren medaille , werd vereerd , op welke laatste aan de eene zijde zijn naam met de jaartallen 1807 — 1857 en op de keerzijde een watermolen, waaronder de woorden : „Door het polderbestuur van den Voordijkshoornschen polder," zijn gegraveerd. Eergisteren zijn Nieuwediep

In 1922 verloor de molen het wiekenkruis na een zware storm. De wieken hebben nog jaren naast de molenromp gelegen.

23-08-1933:  De avondpost

Bliksem in molen geslagen MOLENAAR BLUSCHT HET VUUR
Tijdens een hevig onweer is de bliksem geslagen inde electrische geleiding, welke den watermolen inden Voordijkhoornschen polder van stroom voorziet. Uit het schakelbord inden molen sloegen groote vlammen, die de houten betimmering aantastten. De bejaarde molenaar slaagde er in, het begin van brand te blusschen. Dit is reeds de zesde maal, dat de bliksem in dezen molen is geslagen.

23-08-1933: De Tijd: godsdienstig-staatskundig dagblad

BLIKSEM IN EEN MOLEN GESLAGEN Het gevaar tijdig begrepen
Tijdens een hevig onweer, is te Naaldwijk Dinsdagavond de bliksem geslagen in het electrisch bovennet van de electrische geleiding naar den watermolen, in den Voordykshoornschenpolder aan de Hoornschekade. Het hemelvuur volgde deze draden, en kwam terecht op het schakelbord in den molen, waarna brand uitbrak. Groote vlammen loegen op, zoodat de houten betimmering in den molen in brand geraakte, en ernstig gevaar voor den molen ontstond. De reeds bejaarde molenaar, de heer A. van Rutten, begreep het gevaar. Met eenige lappen enz. probeerde hij de vlammen te dooven, hetgeen hem gedeïïtelijk gelu)Jte. Hoewel de vlammen hoog opsloegen, maakte hy toch een asluiting open, en draaide de stoppen van de electrische geleiding los, waardoor de stroom werd afgesloten, en een ernstig gevaar werd bezworen. De electrische installatie, was nogal beschadigd, terwijl ook de vlammen het hout geblakerd hadden. Dit is de zesde maal, dat de bliksem in dezen molen is geslagen.

Rond 1940 is de molen gedeeltelijk afgebroken tot de huidige hoogte. De vijzel wordt vanaf ca. 1940 door een elektromotor aangedreven, opvoerhoogte ca. 1,10 m.
De machinist van de molen was de heer van Leeuwen.