Gesticht omstreeks 1622 aan de Loenensebeek, moest papierfabriek De Middelste Molen in de loop der eeuwen een aantal keren worden herbouwd omdat in de fabriek brand was ontstaan. De laatste keer was dat nodig in 1886. Toen werd van de Middelste Molen alleen de linker herbouwd, het rechtergebouw keerde niet terug.
In 1969 kwam de molen, nadat de productie al jaren terugliep, buiten bedrijf.

Dankzij de financiële steun die de nederlandse papierindustrie verleende, werd de allerlaatste authentieke Veluwse papierfabriek hersteld en werd er vanaf 1991 weer papier geproduceerd.
De Middelste Molen is ondergebracht in een stichting die papier maakt op dezelfde wijze als gewoon was in de 18e en 19e eeuw. Er worden ook geregeld workshops georganiseerd. 
In 2005 werd de lang geleden verdwenen schoorsteenpijp weer aangebracht. 

Zoals meer Veluwse watermolens, werd ook deze molen vele jaren geplaagd door onvoldoende water. Daadwerkelijk malen heeft voor het laatst in 1998 plaatsgevonden. In oktober 2006 nam dit probleem verder toe door het aftakken van de molenbeek voor andere doeleinden. Maar naar verluidt is in 2007 hierin toch weer een duidelijke verbetering opgetreden.