Deze molen wordt genoemd in 1719 als houtzaagmolen van Jelle Jurjens, op de hoek van De Welle en de Ee te Woudsend. 1719 is vaker genoemd als bouwjaar van deze molen. Latere eigenaren waren Age Machiels Tromp en Jeanette Wilhelmina van Broekhuizen.
Na vele wisselingen belandde de molen in 1925 in het bezit van de firma S. Nauta en Zonen.
Tussen 1934 en 1952 was de houtzager bezit van de koopman J. Westerhof.
Vanaf 1952 hebben Jacob en Otto Nauta de molen verder geëxploiteerd.
Tot 1970 was in de molen een elektrische aandrijving in gebruik. Op windkracht zagen was toen al lange tijd niet meer mogelijk: in 1935 was een roede gebroken en in 1950 de molen ontdaan van roeden, kap en stelling.

(Mogelijk moet dit stukje geschiedenis een keer flink op de schop: volgens de befaamde enquete uit 1941 was de molen reeds in 1925 ontdaan van kap, wieken en stelling. Aan te nemen is dat de toenmalige burgemeester van Wymbritseradeel hierover goed geïnformeerd was. Als de molen in 1941 nog tot op zekere hoogte compleet was, zou dit zijn vermeld. 
In dat geval kan de molen in 1925, toen de firma Nauta hier eigenaar werd, van een elektromotor zijn voorzien en vervolgens onttakeld). 

De huidige eigenaar, de Stichting Zon en Vrijheid, gevestigd te Amsterdam-Slotermeer, kocht in 1965 het molencomplex, bestaande uit molenromp met zaag- en droogschuren, het molenaarshuis en de zeven woningen voor de knechts.
Deze Stichting is voortgekomen uit de vroegere A.J.C. (Arbeiders Jeugd Centrale), die in ons land een zevental kampeerterreinen en watersportcentra bezat. Haar doel was vorming- en vakantieactiviteiten voor jongeren en kansarmen te realiseren op niet-commerciële grondslag.
Eerst had de Stichting, vanaf 1962, aan de noordkant van Woudsend, in het Watersportcentrum ‘t Hege Hùs, haar onderkomen gehad. Het molencomplex bood veel meer mogelijkheden. Eigenlijk was het van begin af aan niet de bedoeling dat de Stichting de zaagmolen weer maalvaardig zou gaan maken, te gebruiken en/of te exploiteren.
Het Stichtingsbestuur was gelukkig van mening dat de molen als monument en vanwege zijn landschappelijke waarde niet mocht verdwijnen.

Uiteindelijk is dan toch, na veel tegenslag, molen De Jager maalvaardig gerestaureerd. De molen vormt met de naastgelegen woningen een fraai complex. Het zaagwerk, dat na de onttakeling van de molen op elektrische kracht nog lang in gebruik bleef, is hier zeer goed bewaard gebleven.

Vanaf mei 2008 moest de molen vanwege noodzakelijk herstel geruime tijd stilstaan. Op 16 januari 2010 kon er weer worden gezaagd.
Begin 2023 werd een nieuwe windpeluw aangebracht. Deze was deels door de molen zelf gezaagd. 

Voor de zgn. knechtenwoningen op het erf van de molen dreigde op een zeker moment de sloop, dit omdat men ter plekke iets anders wilde bouwen. Dit kon in het najaar van 2022 worden afgewend: deze monumentale panden blijven bewaard.

Anno 2025 besloot men, het inmiddels 50 jaar oude wiekenkruis te vervangen.
Nieuwe roeden werden besteld; 28 februari was de laatste keer dat de molen met de oude roeden draaide; op 2 maart 2026 gingen zij eruit; de nieuwe stak men op 5 maart. Vrijdag 20 maart draaide de molen voor het eerst met het nieuwe wiekenkruis.