Deze in 1748 gebouwde molen is de opvolger van een eeuwen oude standerdmolen.
De geschiedenis van deze standerdmolen gaat terug tot omstreeks 1386, toen Broeders des Gemenen Levens vanuit Zwolle en Deventer in Windesheim een klooster stichten. Zij waren de grondleggers van de Moderne Devotie in West Europa.
In 1391 krijgen de kloosterlingen van de Utrechtse bisschop Floris van Wevelinckhoven toestemming om vlak bij het klooster een molen te bouwen. Na de reformatie rond 1580 komtde molen via diverse eigenaren in het bezit van de kasteelheren van Windesheim.

In 1704 waait de standerdmolen om door een verwoestende storm. Omdat de molen van economisch belang was, werd op de huidige locatie een nieuwe molen gebouwd. In 1747 sloeg het noodlot toe toen een storm deze tweede molen vernielde. Meteen werd met de herbouw begonnen, zodat de molen in 1748 weer in gebruik kon worden genomen.

In 1780 komt de molen in bezit van de familie Langevoord. De molen blijft in deze familie tot 1952, toen de stichting De Windesheimer molen, ter voorkoming van sloop, de molen overnam. 

In 1952 werd de molen onder hoede van deze stichting gerestaureerd, waarna er weer gemalen kon worden: diverse beroepsmolenaars maalden tot juni 1964 voor bakkers in de naaste omgeving en voor veevoer. Daarna werd de molen op vrijwillige basis aan het draaien gebracht. 

In 1978 werd de gemeente Zwolle eigenaar van de molen en liet hem kort daarna restaureren.

In het najaar van 2008 kreeg deze molen een forse opknapbeurt waarbij onder meer de stelling werd vernieuwd.