Er waren twee voorgangers in de buurtschap Eerde en er werd dan ook wel gespoken over 'de Eerder molen'. De eerste molen wordt al in 1583 genoemd, ongetwijfeld een standerdmolen. Op 12 december 1747 waaide deze om.

De tweede molen werd in 1748 gebouwd, niet op dezelfde plaats maar meer richting Besthem. In 1861 verbrandde er in de buurt van Ommen een molen, aan te nemen de voorganger van de huidige.
De Dordrechtsche Courant van 10-09-1861 bericht hierover: "In dienzelfden [vrijdag 6 sept.] avond is door het onweder in de gemeente Ambt Ommen een molen in de asch gelegd". Om wat voor type molen het ging, is niet bekend.

De huidige molen werd in 1862 gebouwd en weer op een andere plaats, dit omdat die locatie met paard en wagen beter bereikbaar was. 
Rond 1950 was de Besthemer molen voor het laatst op windkracht in bedrijf; daarna raakte hij sterk in verval en rond 1990 was dit niet veel meer dan een ruïne. Een ruïne die bovendien door de omringde begroeiing geheel en al uit het zicht was verdwenen. 

Bij de zeer omvangrijke restauratie van 1995 werd de molen alleen draaivaardig hersteld: ondanks de aanwezigheid van enige (los bewaarde) molenstenen werd geen binnenwerk meer aangebracht. Vermoedelijk had de ervaring met de molen van Vilsteren, die wel geheel maalvaardig werd gemaakt maar waar vervolgens een speciaal opgezet project failliet ging, hieraan bijgedragen.

Evenwel kwam men later op deze beslissing terug: in de zomer van 2009 werd serieus begonnen en in 2010 werd de molen met één koppel 17der blauwe stenen maalvaardig opgeleverd. Hiervoor gebruikte men twee originele stenen uit de molen zelf: de loper was in de molen bewaard gebleven en heeft men opgedikt met beton; de ligger lag al tijden bij molen "Den Oord" en deed daar dienst als 'tafeltje' maar keerde dus terug. Er is ook een (ongerestaureerd) koppel 15der stenen aanwezig.