Molen D is een in 1839-1840 gebouwde achtkante binnenkruier. Hij bemaalde de 198 ha. grote afdeling D van de Zijpe- en Hazepolder op de Schermerboezem.

Blijkens een van omstreeks 1571-1572 daterende kaart heeft er ten tijde van de eerste bedijking van de Zijpe in deze afdeling geen molen gestaan. Vanaf het begin van de tweede bedijking blijkbaar wel, want op de van 1600 daterende kaart van de Zijpe staat op deze plaats een binnenkruier aangegeven.
In 1839 brandde poldermolen D af, waarna de huidige molen voor ƒ 8080,-- door D. van Veen werd gebouwd. Van Veen zette een, gezien de vlucht, zeer robuuste molen neer: het achtkant is zwaar uitgevoerd.

In 1950 werd de bemaling van deze afdeling overgenomen door de aangrenzende afdeling E, die al eerder op elektrische bemaling was overgegaan. Molen D werd buiten bedrijf gesteld en raakte geleidelijk in verval.

In 1958 volgde, voor een symbolisch bedrag, de verkoop aan een particulier. Deze laatste kreeg de verplichting, de molen te onderhouden. Helaas kwam hiervan vervolgens vrijwel niets terecht en diverse malen wisselde de molen nog van eigenaar/bewoner. 
De laatste particuliere eigenaar, Cees Otter, zag wél kans om de situatie voor deze molen, tevens zijn woning, te verbeteren: een flinke restauratie, in fasen tussen 1987 en 1989 uitgevoerd, maakte molen D weer maalvaardig en sindsdien was deze ook geregeld in bedrijf. Doorgaans maalde Otter hier zelf. 
In 1999 verkocht Otter zijn molen aan de Stichting De Zijper Molens en verhuisde vervolgens. 

Bij die laatste herstelbeurt is de maalvaardigheid van de molen verbeterd: het onderschijfloop werd verkleind, waardoor het scheprad nu duidelijk langzamer draait dan voorheen; daarnaast is dat rad ook verdiept, met als gevolg een veel grotere tasting. Dat nieuwe onderschijfloop kreeg toen ook kunststof staven.

In 2010 kreeg de molen een nieuwe gedeelde buitenroede, maar als gevolg van de problematiek rond dit type is ook deze molen in 2017 stilgezet. De stichting De Zijper Molens handelde evenwel bijzonder alert: een nieuwe roede was snel besteld, waarna men de gedeelde roede kaalzette en op 12 oktober streek. De nieuwe roede is vervolgens op 8 november gestoken en 14 november 2017 was de molen weer maalvaardig. 
Zijper Molen D werd aldus de allereerste waar de problemen rond de gedeelde roeden waren overwonnen.

In 2023 werd vastgesteld dat ook de binnenroede aan vervanging toe was. Deze is in september dat jaar gestreken, waarna meteen de nieuwe roede werd gestoken.