De Bospolder werd op 26 augustus 1634 gesticht door samenvoeging van het Boschpoldertje, gesticht op 11 november 1628, met de Hartogenpolder, de Cornelis Willem Diertsz. polder, de West- of Groteren polder en de Cornelis Pieter Arisz. polder. Deze samenvoeging hield ook in, dat voor deze polder een nieuwe molen moest worden gebouwd. Eventuele afkomende molentjes uit de op te heffen particuliere polders zullen nadat de molen gereed was, zijn gesloopt.

Die molen vloog op 8 december 1703 als gevolgd van zware storm in brand en werd daarbij grotendeels vernield. Voor de bouw van een nieuwe molen schreef Arent van der Spelt uit Zoeterwoude als laagste in en kreeg de opdracht. Op 29 augustus 1704 was de molen maalvaardig. Het bemalen van de Bospolder werd zolang verricht door de molen van de Hoogmadese polder. 

In 1836 was een nieuw bovenhuis nodig. Gerrit van Heteren kreeg de opdracht, Gerrit van Geer stelde bestek en voorwaarden op.

Nb.Het vaak genoemde bouwjaar 1836 is  niet correct: in dat jaar werd alleen het bovenhuis vernieuwd; enkele delen van de ondertoren zijn ouder. 

De molen bemaalde oorspronkelijk met een scheprad; in 1928 werd dit nog houten exemplaar onder advies van molenmaker A.J. Dekker vervangen door een schroefpomp. Ook werden toen stroomlijnneuzen, ook wel bekend als het 'half-Verdekkerd-systeem', aangebracht en liet men de bovenas draaien op een conisch rollager (in plaats van een halssteen). Deze diverse vernieuwingen waren hier een matig succes: de drijfriem van de schroefpomp liep nogal eens van de poelie af (waarna deze met het nodige kunst- en vliegwerk weer moest worden aangebracht) en het halslager liep vaak heet (en werd om die reden tenslotte weer vervangen door een traditionele arduinen halssteen).

In 1955 kwam aan de windbemaling van de Bospolder een einde: men stond wederom voor hoge kosten (zo moest de buitenroede worden vervangen) en daarom besliste het polderbestuur tot aanschaf van dieselgemaal.  De molen werd deels uitgesloopt: pomp en grote aandrijfpoelie werden verwijderd, van het gaandewerk bleef slechts de ingekorte en gedeeltelijk stalen koningspil over. De waterloop bleef intact (en nog jarenlang in gebruik voor het inlaten van water). 
In 1963 werd de inmiddels wat vervallen molen eigendom van de gemeente Leiderdorp, die de molen in 1965 deed restaureren. 

Bij die gelegenheid werd het half-Verdekkerd-systeem, dat sinds 1927 op beide roeden aanwezig was, weer verwijderd. 

Veel draaide deze molen in de jaren daarna niet: als één van de weinige in deze regio was deze molen namelijk niet maalvaardig en dat was voor vrijwilligers tamelijk onaantrekkelijk. Vervijzeling, waarover rond 1980 werd nagedacht, vond geen doorgang, althans: niet meer op deze locatie. Rond 1982 waren er namelijk plannen voor een (inderdaad dringend noodzakelijke) rondweg om Hoogmade heen en daartoe zou de Bospolder grotendeels worden doorsneden en te weinig water overhouden voor een dure investering als een vijzel (met het benodigde aandrijfwerk). 
Het bleef niet bij een weg rond Hoogmade: eind jaren '90 werd duidelijk, dat de molen niet op zijn plaats kon blijven: hij stond precies bij het begin waar de tunnel van de aan te leggen Hogesnelheidslijn (HSL) zou worden geboord. Tussen 1999 en 2002 werd de directe omgeving één grote bouwput. 

-----

Het huis bij de molen was geen zomerhuis. Het werd begin twintigste eeuw gebouwd als gevolg van de woningwet. Veel kleinere windmolens in met name het Rijnland mochten niet meer worden bewoond. Er zijn toen veel dergelijke huisjes gebouwd: bij de Rooie Wip, Geremolen, Groenendijk, maar ook andere woninkjes zoals bij molen van de Munnikenpolder, de Roomolen en enkele molens bij Warmond. 
De woning in de molen werd dan verlaten. De Bosmolen is dus maar relatief kort bewoond geweest. 
Frank Klören, 1 juli 2012.