De huidige molen verving in 1893 op de zelfde plek een standerdmolen, die eeuwenlang op deze plaats op de noordelijke stadsmuur heeft gestaan. Van onderdelen van de standerdmolen werd gebruik gemaakt; zo is de standerd in vier stukken gezaagd en op die manier in diverse zolderbalken verwerkt. Verder is het spoorwiel het omgebouwde bovenwiel van de voorganger. Ook is aan te nemen dat deze molen die, zeer ongebruikelijk voor die tijd, met een houten bovenas werd opgeleverd, die as van de voorganger moet hebben gekregen. Kennelijk was deze as nog in dusdanige staat dat deze opnieuw kon worden gestoken. De thans aanwezige gietijzeren bovenas zal, gezien oude foto's, pas na ca. 1903 zijn gestoken. 

In 1934 werd de molen, toen buiten bedrijf gekomen, inwendig grotendeels uitgesloopt en verbouwd tot café-restaurant. Zelfs in de kap waren enige vensters gemaakt; zo kon molen fungeren als uitzichttoren.  Vanaf dat moment werd meestal gesproken over de "Panoramamolen". De stelling fungeerde, bereikbaar via een buitentrap, als terras. Later werd het gedeelte onder de stelling afgetimmerd en het café vanaf de begane grond geëxploiteerd. Tenslotte stond de molen erbij als romp met wiekenkruis, zónder staart. 
In mei 1940 raakte de molen tijdens de zware gevechten tussen Nederlandse en Duitse troepen om de Grebbelinie slechts licht beschadigd: een kanonskogel veroorzaakte een gat in de romp; dit heeft men later vermaakt tot een rond venster. 

In 1957 volgde een restauratie, waarbij de molen uitwendig weer een molen werd door het aanbrengen van een staart. Ook is de molen toen krui- en draaivaardig gemaakt. Beide oude roeden, vermoedelijk van Belgisch fabrikaat, waren onbetrouwbaar geworden en werden toen vervangen door uit Groningen afkomstige tweedehands roeden. Molenmaker De Roos uit Leeuwarden voerde dit werk uit. 
Intussen bleef de molen in gebruik als café-restaurant, een situatie die zou duren tot 1968: toen ging dat definitief dicht. 

In 1969 verkocht de gemeente Rhenen de molen voor ƒ 1,-- aan de Stichting De Utrechtse Molens.
De nieuwe eigenaar liet direct een restauratie uitvoeren. Zo verdwenen alle onder de stelling aanwezige aanbouwen en werd een deel van de molen verbouwd tot woning. Sindsdien fungeert deze molen als zodanig. 

De Binnenmolen draaide vanaf dat moment weer regelmatig, al is er hier uit sommige hoeken forse windbelemmering door de omringende bomen.

Eind 2021 heeft men deze molen, net als vele andere van de SDUM, preventief stilgezet: bij de Binnenmolen was het minder een zaak van constructie- of lasfouten in de roeden; de hier sinds 1970 aanwezige gelaste roeden waren min of meer 'op' en dienden vervangen te worden. 
Nadat beide oude roeden al enige tijd waren gestreken, stak men op 17 november 2025 de nieuwe.