Op 14 mei 1879 werd besloten de Kleine Polder onder Haarlemmerliede en Spaarnwoude weer van een eigen windmolen te voorzien. Tot dan toe werd die polder bemalen door de molen van de Grote Polder die, via een grote weidemolen, ook voorzag in de (iets lager gelegen) Kleine Polder. Kennelijk was die situatie niet voldoende gebleken. Al op 31 mei 1879 nam Willem Rus, molenmaker te Nieuwe Niedorp, voor ƒ 7700,-- de opdracht aan.

In 1944 kwam de Kleine Molen buiten bedrijf, nadat zowel de Grote als de Kleine Polder op last van de Duitse bezetter onder water moesten worden gezet. Het gemaal van de Grote Polder werd onklaar gemaakt en uit de molenwielen verwijderde men alle kammen. (Die zouden later in Emmen(!) worden aangetroffen).
Na de bevrijding bleek de houten vijzel niet meer in orde en werd afgekeurd. In de waterloop plaatste men een kleine stalen vijzel (capaciteit 5,4 m³ p.m.), aangedreven door een elektromotor. De molen zelf, niet meer maalvaardig, raakte in verval.

In 1963/'64 volgde een grote uitwendige restauratie door molenmaker Jongejans (Westzaan): nieuwe staart en houten roeden. Gedraaid werd er echter nooit en een bliksembeveiliging was niet aanwezig. Dat laatste werd pijnlijk duidelijk toen op 31 maart 1967 de bliksem de molen trof, waarna brand uitbrak. De schade was enorm, maar de molen bleef overeind: uitgebrand en geheel verkoold zou hij tot het voorjaar van 1972 blijven staan.

Waarom werd deze molen pas vijf jaar na de brand hersteld? In 1968 was de polder als bestuurlijke eenheid opgeheven en had de gemeente Haarlem de rechten en plichten overgenomen. De bemaling geschiedde inmiddels via een nieuw, met pompen uitgerust elektrisch gemaal, op een andere plaats dan de molen. Het duurde even voordat de molen, die feitelijk geen enkele functie meer had, onder de aandacht kwam en in aanmerking kwam voor restauratie als monument.

De restauratie van 1972/'73 begon opmerkelijk: molenmaker Fray liet het achtkant wegtakelen op een dekschuit en vervoerde het naar zijn werkplaats in Westzaan. Zo restaureerde hij de molen als het ware in zijn achtertuin. Het oude grenen achtkant werd vrijwel geheel weer gebruikt; ook de houten buitenroede en de ijzeren bovenas hadden de brand overleefd. De kap werd, evenals de staart, geheel nieuw gemaakt.
Vervolgens werd de molen per dekschuit terugvervoerd, op zijn fundering teruggezet en daarna draaivaardig gemaakt. Een nieuwe gelaste binnenroede werd gestoken, zodat de molen daarna jaren functioneerde met één ijzeren en één houten roede. Maalvaardig werd de molen niet: in Haarlem was de tijd daar nog niet rijp voor. De molen hoefde slechts te dienen als landschapsverfraaiend element, en dat hij weer kon draaien was mooi meegenomen.

Nieuw voor die tijd was een vrijwillige molenaar: Cees van Dijk, vervroegd gepensioneerd en net geslaagd voor zijn molenaarsexamen, kon hier meteen aan de slag. Het werd een groot succes: de molen draaide vaak, bezoek was altijd welkom en ook maakte hij diverse jongeren enthousiast voor molens en molenaarschap. 

Helaas moest de molen in 1985 worden stilgezet: nadat de beschoeiing aan de boezemkant geheel was vernieuwd werd het dijklichaam veel droger en verrotte de paalfundering van de molen. Als gevolg ging de molen sterk verzakken. Ook bleken sommige onderdelen in minder goede staat, zoals de oude houten buitenroede: die was nu echt 'op'. In 1989 gingen beide roeden eraf.

In 1990 begon een grote restauratie, die neerkwam op een nieuwe fundering, buitenroede en middelbalk. Vanaf 1991 was de molen opnieuw draaivaardig.

Rond 2024 kwam een einde aan een hardnekkig probleem bij deze molen: de werf verzakte steeds, voornamelijk aan de NW-zijde. Dit kon tenslotte worden verholpen door het aanstorten en beschoeien van grote hoeveelheden grond. 

Van het oorspronkelijke gaandewerk van de molen bleef alleen de (na de brand schoongedisselde) koningsspil over. Als bovenwiel diende een oud aandrijfwiel uit de Zaanse verfmolen De Duinjager. Vele jaren later heeft men op die spil een bovenbonkelaar aangebracht; zo kon een dynamo worden aangedreven om elektriciteit op te wekken. Ook onderin bevindt zich tegenwoordig een bonkelaar.