Op 14 mei 1879 werd besloten de Kleine Polder onder Haarlemmerliede en Spaarnwoude weer van een eigen windmolen te voorzien. Tot dan toe werd die polder bemalen door de molen van de Grote Polder en stond er in voor de (iets lager gelegen) Kleine Polder een grote weidemolen. Kennelijk voldeed die situatie niet. De bouw werd reeds op 31 mei 1879 aangenomen door Willem Rus, molenmaker te Nieuwe Niedorp, voor een bedrag van ƒ 7700,--.

De Kleine Molen is in 1944 buiten bedrijf gekomen, toen zowel de Grote als de Kleine polder op last van de Duitse bezetter onder water moesten worden gezet. Het gemaal van de Grote polder werd onklaar gemaakt; uit de molenwielen werden alle kammen verwijderd. Later werden die aangetroffen in Emmen(!). 
Na de bevrijding bleek de houten vijzel niet meer maalvaardig en werd afgekeurd. In de waterloop plaatste men een kleine stalen vijzel (capaciteit 5,4 m³ p.m.), aangedreven door een elektromotor. De molen zelf, niet meer maalvaardig, raakte in verval. 

In 1963/'64 volgde een grote uitwendige restauratie door molenmaker Jongejans (Westzaan): nieuwe staart en houten roeden. Gedraaid werd er evenwel nooit en ook een bliksembeveiliging was niet aanwezig.

Dat laatste werd pijnlijk duidelijk toen 31 maart 1967 de bliksem de molen trof en vervolgens brand uitbrak. De schade was enorm maar de molen bleef overeind: uitgebrand en geheel verkoold zou hij tot het voorjaar van 1972 blijven staan. 

Waarom werd deze molen pas 5 jaar na de brand hersteld? In 1968 was de polder als bestuurlijke eenheid opgeheven en had de gemeente Haarlem de rechten en plichten overgenomen. De bemaling geschiedde inmiddels via een nieuw met pompen uitgerust elektrisch gemaal, op een andere plaats dan de molen. Het duurde even voordat de molen, die feitelijk geen enkele functie meer had, onder de aandacht kwam en voor restauratie - als monument - in aanmerking kwam.

De restauratie van 1972/'73 voltrok zich tamelijk apart: molenmaker Fray liet het achtkant wegtakelen op een dekschuit en vervoerde het naar zijn werkplaats in Westzaan. Zo restaureerde hij de molen als het ware in zijn achtertuin.
Het oude grenen achtkant werd vrijwel geheel weer gebruikt; ook de houten buitenroede en de ijzeren bovenas hadden de brand overleefd. De kap werd, evenals de staart, geheel nieuw.

Vervolgens heeft men deze molen per dekschuit terugvervoerd, op zijn fundering teruggezet en daarna draaivaardig gemaakt. Een nieuwe gelaste binnenroede werd gestoken; zo heeft deze molen nog jaren gefunctioneerd met een ijzeren en een houten roede.

Maalvaardig werd de molen in 1972 niet meer, in Haarlem was de tijd daarvoor nog niet rijp: de molen hoefde slechts te dienen als landschapsverfraaiend element en dat hij weer kon draaien was mooi meegenomen. 
Nieuw voor die tijd was een vrijwillig molenaar: Cees van Dijk, vervroegd gepensioneerd én net geslaagd voor zijn molenaarsexamen, kon hier meteen aan de slag. Het werd een groot succes: de molen draaide vaak, bezoek was altijd welkom en ook maakte hij diverse jongeren enthousiast voor molens en molenaarschap.

Helaas moest de molen in 1985 worden stilgezet: de molen ging sterk verzakken en daarnaast bleken sommige onderdelen in minder goede staat. De houten buitenroede, na de brand van 1967 opnieuw gestoken, was nu echt 'op'. In 1989 ging beide roeden eraf. 

In 1990 begon een grote restauratie die neerkwam op: een nieuwe fundering, buitenroede en middelbalk. Vanaf 1991 draaide de molen weer. 

Oorspronkelijk was deze molen nagenoeg geheel gemaakt van grenenhout en kruide de kap op houten rollen. In 1972 is een geheel nieuwe kap gemaakt, die op klossen kruit. De (in 1972 schoongedisselde) koningspil is aanwezig; in later jaren werd op die spil een bovenbonkelaar aangebracht om op die manier elektriciteit op te wekken. Ook onderin bevindt zich tegenwoordig een bonkelaar.