Molen De Noorder M bemaalde de ca. 263 ha. grote afdeling N-M van de Zijpe- en Hazepolder op de Schermerboezem en werd al in 1864 als uit- en inmaler genoemd.

Deze hooggelegen afdeling van de Zijpe is waarschijnlijk pas omstreeks het midden van de 17de eeuw onder bemaling gebracht, in 1600 was op deze plaats nog geen molen aanwezig. Wél staat er hier een aangegeven op een van 1664 daterende kaart van de Zijpe.
Volgens overlevering zou de molen in het begin van de vorige eeuw zijn verplaatst in verband met de aanleg van het Noord-Hollands Kanaal, doch dit wordt door sommigen betwijfeld. De aanleg van dit kanaal (1819-1824) betekende wél een wijziging in de opzet van de bemaling: deze molen bemaalde vanaf 1824 niet alleen de de polder Noorder-M maar ook de afdeling Wester-N. 

In 1953 werd de bemaling overgenomen door een vijzelgemaal en dat maakte de molen overbodig. Onderhoud vond daarna niet meer plaats en als gevolg ging de toestand snel achteruit.
In 1967 werd deze inmiddels sterk in verval geraakte molen overgedragen aan de toen jonge Stichting De Zijper Molens. Een zeer juiste zet: de molen onderging vrijwel direct een (reddende) restauratie.

Voor maalvaardig maken was geen geld: de molen was voorlopig alleen draaivaardig gemaakt (en werd daarna ook geregeld op vrijwillige basis aan het draaien gebracht). 
Maalvaardig werd de molen pas in 1981, nadat scheprad, onderwiel en onderschijfloop vrijwel geheel waren vernieuwd. Het oude onderschijfloop en onderwiel waren niet meer bruikbaar: Jan Korver heeft ze gekopieerd.

Vlakbij de molen bevond zich heel lang een molenaarswoning, die qua stijl zeer goed aansloot bij de molen zelf. Deze woning, indertijd net als de molen sterk in verval geraakt, heeft men in 1974 afgebroken en niet meer herbouwd.

Het elektrisch gemaal, dat zich naast de molen bevindt, was tijdenlang net iets te hoog, waardoor dit bij bepaalde richtingen bewegingsbelemmering voor de molen veroorzaakte. In 2005 werd dit aangepast en sindsdien kan de molen weer vrij uit alle hoeken draaien. 

In 2007 heeft men de kap hersteld en van nieuw riet voorzien. 7 jaar later begon men een flinke herstelbeurt: enkele door ongedierte aangetaste achtkantstijlen werden vernieuwd en ook gingen beide roeden er tijdelijk uit om te worden gerepareerd. In mei 2015 was de molen weer geheel maalvaardig. 

Opmerkelijk in de constructie: het bovenwiel heeft vroeger een grotere diameter gehad. Waarschijnlijk is het een onderwiel van een schepradmolen geweest, dat ooit hier tot bovenwiel is vermaakt.