De Hoekmolen, staande in het veld ten noordoosten van Meerkerk, is één van de twee wipmolens die de polder Neder-Heicop en Neder-Boeicop bemaalden. De andere werd "de Peilmolen" genoemd. Beide molens sloegen uit op het Merwedekanaal. In 1926, een jaar dat menige molen in die streek niet heeft overleefd, werd de Peilmolen omgebouwd tot motorgemaal. Tezamen met de Hoekmolen verzorgde dit de bemaling van deze 496 hectare grote polder.

Het oorspronkelijke bouwjaar van de Hoekmolen is niet bekend. Wél is inmiddels duidelijk dat op 6 augustus 1622 aanbesteding plaatsvond van de vernieuwing van de ondertoren van de molen, alsmede van voor- en achterwaterloop, waterwiel en onderschijfloop. De werkzaamheden werden uitgevoerd door Cornelis Gerritszn. uit Hei- en Boeicop.
Echter: in 1641 verbrandde één van beide molens van deze polder en niet bekend is, welke. De ondertoren van deze molen dateert dus uit 1622 óf uit 1642, het jaar waarin de verbrande molen werd herbouwd.

Na de bouw van een nieuw dieselgemaal in 1945 kwam de Hoekmolen buiten bedrijf. Door inzet van de gemeente en andere organisaties bleef de molen behouden en kwam in 1960 in bezit van het Hoogheemraadschap van de Alblasserwaard. Per 1 februari 2008  heeft men deze molen, met nog drie andere, verkocht aan de SIMAV.

Bijna was dat niet zover gekomen: op 20 maart 2004 sloeg de molen tijdens stormweer op hol en als gevolg ontstond er in het bovenhuis brand. Die brand verwoestte dat bovenhuis grotendeels; de ondertoren overleefde het, op waterschade na. De bovenas begaf het niet en het wiekenkruis bleef onbeschadigd. Goed optreden van de brandweer, die het met de harde wind zeer moeilijk had, heeft vermoedelijk algehele ondergang van de Hoekmolen voorkomen.

Het herstel nam men snel ter hand: op 1 juni 2005 bracht men het geheel vernieuwde bovenhuis aan, en eind juni was de molen alweer draaivaardig. De bovenas, die het tijdens de brand dus had uitgehouden, werd afgekeurd, zodat een nieuwe moest worden gegoten.

In 2009/10 onderging deze wipmolen fors herstel aan ondertoren en waterlopen: diverse houtverbindingen werden voorzien van kunsthars of vernieuwd, drie muurplaten (op de noordelijke na) vervangen, evenals drie manderstijlen en een korbeel; ook de vloer rond het onderwiel werd hersteld. De waterloop werd 10 cm. verdiept, de schoepen van het scheprad werden daarom tijdelijk verwijderd. De vloer van de krimp en de opleider zijn in beton gestort. Alle gaande werken en ook de vang zijn nagelopen en opnieuw gesteld. Hekwerk en de voorzomen en borden zijn gerepareerd. Ook de kruischoren zijn vernieuwd, de trap gerepareerd en de kruilier verbeterd. Ook kreeg de ondertoren nieuw riet.
Op 6 juli 2010 leverde men de gerestaureerde molen op. 

In juni 2026 kreeg de molen nieuwe roeden.