De oudste geschiedenis van deze molen is door raadselen omgeven: hij is hier in 1823 gebouwd maar er zijn aanwijzingen dat de molen ouder is en eerder als poldermolen in die regio heeft gefunctioneerd. Vooralsnog is hierover weinig tot niets bekend.
Hoe dan ook: de huidige uitstraling, op de opmerkelijk hoge gemetselde onderbouw, maakt deze molen onmiskenbaar. 

Tot 1947 bleef deze korenmolen op windkracht in bedrijf. In dat jaar verkocht Thomas van der Does zijn molen aan de gemeente Wilnis en zette elders in het dorp het bedrijf met een motormaalderij voort. 

In 1965 volgde een provisorische herstelbeurt. De molen bleef stilstaand monument en werd ingericht als museum. Dat bleek geen goed idee: al spoedig was dit een rommeltje. Positief hierbij was dat het gaandewerk al die tijd, ongerestaureerd, intact bleef. 

Na in 1971 in eigendom te zijn gekomen van de Stichting De Utrechtse Molens, volgde in 1972/73 een grondige restauratie tot maalvaardige korenmolen.
Vanaf september 1973 was Karel Dolman, vrijwillig molenaar van het eerste uur, hier molenaar. In de beginjaren werd er veevoer gemalen voor de malerij van de opvolger van de oud-eigenaar, Ad van der Does.
Jan van Beek, woonachtig te Woerden en in die jaren zeer actief bezig met het reviseren van maalstenen, maakte het hier aanwezige koppel weer geschikt voor het malen van consumptiemeel. 
Na het overlijden van Karel Dolman was zijn zoon Maarten, tot zijn vertrek in 1988 naar de toen gerehabiliteerde Windotter te IJsselstein, hier molenaar.

Eind 2021 heeft men deze molen, net als vele andere van de SDUM, preventief stilgezet: onderzoek naar de kwaliteit van de roeden had problemen aangetoond. Een oplossing voor deze molen was niet op korte termijn te voorzien, omdat de Veenmolen laag op de prioriteitenlijst stond. 
Maar in september 2025 was het dan zover: de oude roeden gingen eruit en de nieuwe werden gestoken. 

Een bijzondere bovenas
Op het eerste gezicht doet de 'overhoekse' ster op de walpenplaat van de bovenas hier denken aan het fabricaat Boddaert. Maar: assen, afkomstig van deze destijds te Middelburg gevestigde ijzergieterij, zijn en worden uitsluitend aangetroffen in Zeeland. Het exemplaar te Wilnis zou in dat geval behoorlijk 'verdwaald' moeten zijn (iets wat overigens niet uit te sluiten is).
Diverse constructiedetails, zoals vorm en zwaarte van de ribben, wijzen op een ander fabrikaat. Jan de Witte, Boddaert-expert uit Zoutelande, stelde na grondig onderzoek dan ook vast dat dit geen Zeeuwse as kan zijn, een conclusie die de redactie van de Nederlandse Molendatabase overnam. 
Een oplossing? In de Opregte Haarlemsche Courant van 18 mei 1867 vraagt "K. van der Does te Wilnis, provincie Utrecht" een gebruikte bovenas te koop. Het is dus bepaald niet ondenkbaar dat deze molen ergens in 1867 een (tweedehands) ijzeren bovenas heeft gekregen.