In 1649 werd de oude molen van de Zanepolder vernieuwd vanwege de vereniging met de noordelijk aangrenzende "Polder Agter de Kerk". Hierdoor ontstonde de Polder Kerk en Zanen, de molen werd genoemd Nieuwe Zanemolen. De molen bemaalde de polder samen met De Groote Molen (Tenbruggencatenummer 06486 m).

10-11-1838: Opregte Haarlemsche Courant

AANBESTEDING. Op Dingsdag den 20sten November 1838, des morgens ten 10 ure, zal in het Gemeentehuis te Alphen, door de Directie der Polders Kerk en Zanen en Rietveld, gelegen in de Gemeente Alphen, aanbesteed worden: Het onderhoud van twee achtkante WATER-MOLENS en een WIP-MOLEN, in gemelde Polders gelegen, met de verdere Onderhouds-Werken aan deze Polder. Zullende het Bestek en Conditien daarvan ter lezing liggen van den 1sten dezer tot daags voor de besteding, Zon- en Feestdagen uitgesloten , zoo op het Gemeentehuis te Alphen, als ook in het Logement te Boskoop, Aarlanderveen, Zwammerdam en Hazerswoude.

 

In 1906 werd de windbemaling van de Polder Kerk en Zanen door stoombemaling vervangen. Op de plek van de molen kwam een stoomgemaal.