Deze molen bemaalde voorheen met zijn buurmolen, de Westmolen, de polder De Banne van Gorinchem & Kwakernaat. Zij werden in 1814 resp. 1817 gebouwd. Hun voorgangers waren bij het beleg van Gorinchem in 1813 door Franse troepen in brand gestoken en men hoopte het daarna met één molen af te kunnen: in eerste instantie werd daarom alleen de Westmolen herbouwd. Dit bleek niet voldoende en vervolgens herbouwde men in 1817 ook de Oostmolen.

In 1906 waren er plannen om de Oostmolen te vervangen door een stoomgemaal met machinistenwoning; dit ging echter niet door.
Jan Verschoor was hier een tijdlang molenaar; in de jaren '60 vertrok deze naar Noord-Holland. Daarna was Teunis van der Griend hier werkzaam, totdat de molen in 1971 (tezamen met de Westmolen) vanwege de bouw van een elektrisch gemaal buiten bedrijf kwam.

In 1973 werd de gemeente Gorinchem eigenaar van beide molens en in 1981/82 volgde een forse restauratie, waarbij van deze molen onder meer het bovenhuis deels werd vernieuwd en ook nieuwe roeden werden gestoken. Het stroomlijnsysteem Van Bussel heeft men hier toen vervangen door Oud-Hollands.

Inmiddels had de molen helaas zijn waterstaatkundige functie verloren. Dit had te maken met de directe omgeving: vanaf ca. 1970 was die sterk veranderd door de aanleg van wegen, sportvelden en (inmiddels steeds hoger geworden) bomen. Vanaf 2000 (en daarbij vooral in 2016) verbeterde de situatie door het kappen en snoeien van tientallen bomen en struiken. 
Had deze molen, met zijn collega de Westmolen zijn waterstaatkundige functie dus verloren, het aangelegde maalcircuit bleek vervolgens te krap, waardoor malen met scheprad doorgaans problematisch was. 
Dit verbeterde in april 2014 toen het waterschap een nieuwe duiker tussen de beide molens liet aanleggen. Deze duiker is groot genoeg om de Oost- en Westmolen water te laten houden en dus amper nog 'verhang trekken' in het waterpeil. 

In april 2023 begon men aan ingrijpend herstel, dit betrof vooral de waterlopen en ook vervanging van het ruim 40 jaar oude wiekenkruis. In september stak men de de nieuwe roeden en kort daarna kon er weer worden gemalen.