Deze molen dateert in beginsel niet uit 1763, zoals altijd werd verondersteld, maar is ouder: tussen 1704 en 1717 moet dichtbij waar de molen tegenwoordig staat, al een molen gebouwd zijn. Het jaartal '1763' is waarschijnlijk het gevolg van een eerste grote verbouwing: de in 1762 door de echtelieden Jurrien Balles en Antje Gerbrands geïnitieerde verplaatsing. Balles was al sinds 1738 eigenaar en liet in 1763 de molen over betrekkelijk korte afstand verplaatsen. 
Latere eigenaren waren Jan Joesten, G. Eikema en vanaf 1855 tot 1960 diverse generaties Edens. In 1960 werd de gemeente Winschoten eigenaar voor ƒ 7051,--.

In 1870 werd de molen op een heel merkwaardige manier verhoogd: het houten achtkant bleef staan en werd aan de bovenzijde verlengd. Ondertussen werd het metselwerk verhoogd, en veldkruisen en korbelen verwijderd, zodat de achtkantstijlen met de houtverbindingen van de legeringsbalken deels in het metselwerk werden opgenomen. De verlenging aan de bovenzijde was nagenoeg vertikaal, vandaar de slanke "flessenhals". De stelling ligt als gevolg van deze verbouwing tussen twee zolders in.

Laat in de 20ste eeuw kreeg de molen grote problemen met de stabiliteit, deels nog een gevolg van de verbouwing van 1870: de toen deels door de verhoogde stenen onderbouw opgesloten achtkantstijlen bleken inmiddels sterk ingerot. De molen kreeg daarom een draaiverbod, dat geruime tijd zou gaan duren. 
Om dat laatste te benadrukken timmerde men de tussenzoomlatten vervolgens op de voorkant van de hekkens, ofwel: deze molen mag geen zeil meer voeren! 

In 1985 volgde een ingrijpende restauratie waarbij veel werk aan de deels houten, deels stenen onderbouw moest worden gedaan; daarbij vernieuwde men ook kap en gevlucht. Tot die tijd was een Van Bussel-achtig systeem aanwezig, dat grotendeels in hout was uitgevoerd. De restauratie werd uitgevoerd door Roemeling en Molema te Scheemda voor een bedrag van ƒ 300.000,--.

In 2006/2007 is de molen wederom verhoogd, evenwel op geheel andere wijze dan in 1870. Aanleiding tot deze ingreep was de bouw van appartementen in de directe omgeving. Nu werd de gehele molen, dus compleet met de stenen onderbouw, werd drie meter opgevijzeld en daarna verder ondermetseld.

In februari 2023 heeft men beide roeden afgekeurd. Deze molen werd daarmee de zoveelste die moest stilstaan vanwege dit probleem. 
In september 2025 kwamen, nadat de oude roeden waren gestreken, de nieuwe gelaste roeden. 

Historische bijzonderheden: 
De molen is in het verleden dus zeer intensief gebruikt en niet alleen verplaatst en verhoogd, maar ook wat de inrichting betreft vaak gewijzigd. Oorspronkelijk alleen een pelmolen werd dit ná 1855 (opheffing van de belasting op het gemaal!) een korenmolen.
In 1880 werd een meelfabriekje met - toentertijd - een stoommachine aangebouwd. Omstreeks 1977 werd dit, tezamen met een groot graanpakhuis, helaas afgebroken. Jammer, want dit was een zeer interessant voorbeeld van industriële geschiedenis. 
Door alle verbouwingen kent de constructie enige merkwaardigheden: de vloer van de huidige steenzolder ligt op halve hoogte van de stellingdeuren. De kuipdeksels van het westelijke koppel stenen liggen gelijk met de zoldervloer, waarin de schudschoe is uitgespaard. Dat maakt het lastig om de loper zonder steenkraan open te leggen! Verder kan het opgeveegde (of opgewaaide) stof per ongeluk zó van de vloer in het kropgat vallen! (Alleen het noordwestelijke koppel maalstenen ligt normaal op de steenzolder).

Opmerkelijk en weinig bekend: tot in de Tweede Wereldoorlog had Winschoten, na Amsterdam, percentueel gezien de grootste Joodse gemeenschap van Nederland. Op deze molen werd vroeger, in overeenstemming met de koosjere spijswetten, veel gemalen onder toezicht van het Joodse rabbinaat. Onnodig te zeggen dat dit verleden tijd is.... 

Tot slot: de molenaarswoning uit 1774 heeft alle ontwikkelingen rond Molen Edens overleefd en staat er nog steeds (en is nimmer verhoogd).