Molen D bemaalde vroeger met nog 10 molens de ca. 5560 ha. grote polder Geestmerambacht op de Raaksmaatsboezem, thans de Schermerboezem. De bouw van deze molen was een gevolg van het feit dat tussen 12 juni en 7 augustus 1867 een van de twee molens van de polder, die op het zuideinde van Broek op Langedijk stonden, geheel verbrandde.

Besloten werd een nieuwe molen te herbouwen op een plaats waar een betere windvang aanwezig was; deze moest volgens de voorwaarden van de brandverzekeringsmaatschappij echter wel in dezelfde gemeente zijn gelegen. Zo viel de keuze op de huidige plaats, in de noordoosthoek van de toenmalige gemeente Broek op Langedijk gelegen, waar de water- en windtoevoer geheel vrij waren. Vervolgens is onder leiding van C. Eecen Pzn, sinds 1868 timmerbaas van de polder en voordien molenmaker te Oudkarspel, in 1868 geheel in eigen beheer voor ca. ƒ 13.000,-- de huidige molen gebouwd.

Met de overige molens werd hij bij besluit van 21 mei 1913 stil gezet, om alleen nog bij hoog water te worden gebruikt.
Dit situatie duurde niet lang: door het uitbreken van de Eerste Wereldoorlog werd dit besluit al in 1914 ongedaan gemaakt. 

De molen bleef daarna tot 1924 in bedrijf om, na een proefperiode van twee jaar, mét de overige molens van dit waterschap in 1926 definitief buiten dienst te worden gesteld. Plannen tot afbraak gingen niet door en in en kort na de Tweede Wereldoorlog is de molen nog enige tijd in gebruik geweest. Voor de meeste andere molen verliep de tijd minder goed: op één na zijn zij verdwenen. 

In feite is deze molen vanaf 1924 steeds in behoorlijke staat bewaard gebleven en dat is opmerkelijk. Er zijn er althans geen foto's te vinden waarop deze molen in matige, laat staan slechte, conditie afgebeeld staat. Heeft men ooit molen D tóch min of meer bestempeld als een soort van reservebemaling? 

In 1974/75 volgde een maalvaardige restauratie, waarbij onder meer een nieuwe (binnen)roede werd gestoken. Sindsdien draait en maalt de molen zeer regelmatig. 

Lange tijd was Ruud Vlug hier dé molenaar: vanaf de maalvaardige restauratie van 1975 totaan zijn overlijden, begin 2023, bewoonde hij de molen en liet deze zeer geregeld draaien en malen.