Ongeveer 150 m. van de locatie van de huidige molen heeft één van de oudste molens van Ruinen gestaan. Deze was eigendom van de Heer van Ruinen, die woonde op de Havezate De Oldenhof. In 1673 werd, voordat de Munsterse troepen deze streek binnentrokken, om de vijanden t'incommonderen ende affbreuck te doen, de cooren winde meule tot Ruinen omverre gesmeten en verplettert. Dit duidt op een standerdmolen. Na herbouw bleef deze molen bestaan tot 1878.
De huidige molen van Ruinen stond eerder als grondzeiler in het buurtschap Echten; in 1962 werd die inmiddels sterk vervallen molen daar afgebroken om in 1964 op de huidige molenwerf in het buurtschap Engeland, nabij Ruinen, als beltmolen te worden herbouwd. Een opmerkelijke beltmolen, want de belt werd met een hoogte van 1,80 meter uitzonderlijk laag: om onder de molen te kunnen komen, werd de invaart verdiept aangelegd.
In 1964 was er nog geen sprake van dat deze molen op de één of andere manier weer in bedrijf zou komen, ook waren er toen nog geen vrijwillige molenaars, althans: niet als georganiseerde groep. De molen kreeg de bestemming van vakantiewoning en was als zodanig ook te huur. Die situatie werd sterk in de hand gewerkt door de aanwezigheid van een camping pal naast de molen.
Gedurende ruim 25 jaar stond de molen stil, raakte geleidelijkaan weer in verval en, bijna onvermijdelijk bij een recreatiebestemming, ook sterk ingegroeid.
De ommekeer kwam in 1989, toen de Stichting Vrienden van de Ruiner Molen werd opgericht om de molen maalvaardig te restaureren. Dat bleef niet zonder gevolgen: in 1992 volgde de erkenning als Rijksmonument. Zo kwam herstelwerk aan deze molen in aanmerking voor overheidssubsidies.
In 1993 kreeg deze stichting de molen daadwerkelijk in eigendom en daarna kon een forse herstelbeurt worden voorbereid.
In 1995/1996 voerde molenmaker Vaags een forse restauratie uit: het verwaarloosde gaandewerk werd grondig herzien en met een tweede koppel stenen uitgebreid; ook de kap onderging flink herstel. Zo heeft men het voeghoutenkruiwerk gewijzigd in een neutenkruiwerk; hiertoe moest voor de (daardoor te kort geworden) koningspil een aparte ijzerbalk onder de lange spruit worden gemaakt.
Met alleen opknappen van het binnen- en buitenwerk kon hier bepaald niet worden volstaan: de totaal verboste omgeving moest grondig worden aangepakt. Om deze molen weer in de wind en het zicht te krijgen heeft men daarom talloze bomen en struiken gekapt en gesnoeid.
Op 6 september 1996 volgde de feestelijke ingebruikname en sindsdien is de molen weer regelmatig draaiend en malend te zien.
In 2019 heeft men opnieuw in de directe omgeving gekapt, wat de molen uiteraard ten goede is gekomen.
In de eerste weken van 2020 werd het gehele wiekenkruis vernieuwd.
