Op de plaats van de huidige molen stond tot 1801 een wipmolen, die in dat jaar afbrandde. Misschien dat men daarna wilde proberen of de polder met de drie resterende wipmolens te bemalen viel, óf er waren problemen om de financiering van een nieuwe molen rond te krijgen. Hoe dan ook: pas in 1805 werd overgegaan tot de bouw van een nieuwe molen.
Het ambacht werd namelijk voor een bepaalde periode vrijgesteld van het betalen van belastingen. Bovendien werd in april 1805 een overeenkomst aangegaan met het bestuur van de polder Gelkenes, waarin de laatste zich verplichtte ƒ 3.000,-- bij te dragen in de bouwkosten van de nieuwe molen. Gelkenes had hier immers belang bij omdat het met behulp van de molens van Ammers-Graafland c.a. werd bemalen. In de overeenkomst werd verder gesuggereerd dat de nieuwe molen een groter rendement zou leveren dan de afgebrande molen.
Over dit laatste ontbreken helaas gegevens, maar het is waarschijnlijker dat, vanwege het vrij smalle scheprad, de Achtkante Molen minder water kon (en kan) verzetten dan de andere drie. Mogelijk stond daar tegenover dat deze molen van de vier molens van deze polder het gemakkelijkst, dus het snelst, in bedrijf kon komen.
In 1873 verving men het onderste gangwerk door gietijzeren wielen die afkomstig waren van een molen te Jaarsveld (Utr.). Samen met een gietijzeren wielbak kocht het polderbestuur deze onderdelen voor ƒ 750,24. Op het onderwiel is het jaartal 1845 geschilderd, hetgeen een indicatie geeft van de ouderdom.
In de Tweede Wereldoorlog werd het hekwerk van het wiekenkruis door een laag vliegend toestel beschadigd.
In 1964 kwam de molen buiten bedrijf en in 1972, onder de inmiddels andere eigenaar, volgde een restauratie. Op 18 mei dat jaar werd de molen door burgemeester H. Boer van Groot-Ammers officieel in gebruik gesteld.
In 1991-1992 vond opnieuw flink herstel plaats, waarbij onder meer wiekenkruis, lange spruit, een voeghout, windpeluw met baard, een deel van de keerkuip en een deel van de rollenwagen van het kruiwerk werden vernieuwd.
In maart 2010 werd begonnen met een grote revisie van het kruiwerk. Rollenwagens en ijzeren rollen werden grotendeels vernieuwd. Daarmee was het bepaald niet gedaan: ook de waterlopen werden hersteld, de bladen van het scheprad vervangen, de sprenkelstraat afgebroken en geheel opnieuw opgemetseld. Voorts is het gevlucht gerepareerd en in juni werd begonnen met het vernieuwen van de meeste velden van het rietdek.
Op 1 oktober 2010 verbrandde de schuur naast de molen; door gunstige wind en goed optreden van de brandweer overleefde de molen dit onbeschadigd.
